Город Дубна расположен рядом с реками Волга и Дубна. Они влияют на гидрогеологические условии данной территории, однако не так сильно как атмосферные осадки. В среднем каждый год здесь выпадает около 783 мм, из которых 392 мм испаряется, 235 мм уходит на инфильтрационное питание, а 157 мм попадает в поверхностный сток.
Выделяют:
•    Современный аллювиальный водоносный горизонт. Водовмещающие породы разнозернистые пески, линзы гравийно-галечных отложений. Мощность - 0,5-1,3 м. Глубина - 0,2-1,5 м. Воды гидрокарбонатно-натриевые, гидрокарбонатно-кальциевые. Питание от атмосферных осадков, разгрузка в реки.
•    Верхнечетвертичный аллювиальный водоносный горизонт. Водовмещающие породы – кварцевые пески, разнозернистые и среднезернистые пески и глина. Мощность - 5-13 м. Глубина - 2-3 м. Воды пресные, магниево-кальциевые, гидрокарбонатно-кальциевые, натриево-кальциевые. Питание от атмосферных осадков, разгрузка в отложения рек.
•    Верхне-среднечетвертичный аллювиально-флювиогляциальный водоносный горизонт. Водовмещающие породы – пески с гравием и без, с галькой. Мощность - 2-3 м. Глубина - 0,4-3 м. Воды пресные, гидрокарбонатно-кальциевые. Питание от атмосферных осадков, разгрузка в отложения рек.
•    Московский ледниковый водоносный горизонт. Водовмещающие породы – межморенные пески. Мощность - 25-35 м. Глубина - 2-5 м. Воды пресные, гидрокарбонатные кальциево-магниевые. Питание от перетока вод, разгрузка в отложения рек.
•    Московско-днепровский аллювиально-флювиогляциальный водоносный горизонт. Водовмещающие породы – среднезернистые пески, глина, гравий и галька, линз супесей. Глубина - 15 м. Воды пресные, гидрокарбонатные.
•    Днепровский водоупор. Водовмещающие породы – суглинки и галька, валуны. Мощность - 2-15 м.
•    Днепровско-окский аллювиально-флювиогляциальный водоносный горизонт. Водовмещающие породы – среднезернистые и мелкозернистые пески, гравий и галька. Мощность – до 20 м. Питание от пород карбона.
•    Средне-верхнеюрская слабопроницаемая толща. Водовмещающие породы – пластичные глины келловея и оксфорда. Мощность - 30-35 м. Глубина – 35-60 м.
•    Клязьминско-ассельский водоносный горизонт. Водовмещающие породы – известняк, доломит, трещиноватые и окремненные. Мощность - 40-55 м. Глубина - 60-80 м.
•    Кревякинская слабопроницаемая разделяющая толща. Водовмещающие породы – пестроцветные глины и мергели, прослойки известняка. Мощность - 7-10 м. Глубина - 140-170 м.